Музей основан в 1968 году и работал на общественных началах под руководством доцента Б. Я. Дробниса до 1982 года. В 1987 году музей возобновляет работу уже как штатное подразделение мединститута под руководством доцента Г.Г.Фишера. В 1993 году на должность директора музея назначен В.И. Белоус. В 1999 году в штат музея введены научный сотрудник (0,75 ставки) и лаборант (0,25 ставки). Музей имеет 5 залов (общей площадью 320 кв. М) и вспомогательные помещения, компьютер и аудио и видео технику, которая обеспечивает необходимые условия для сохранения, изучения и экспонирования музейной коллекции. Научно-методическое обеспечение музей получает от Национального музея истории медицины Украины и Черновицкого краеведческого музея. Постоянно действующая экспозиция музея освещает: 1) историю основания и деятельности мед университета в киевский период (1931-1941), работу в период эвакуации в г. Челябинск (1941-1944), деятельность на Буковине как Черновицкого мединститута (1944-1997), Буковинской государственной мед академии (1997-2005), а от 2 марта 2005 года - Буковинского государственного медицинского университета (БГМУ), 2) события из истории медицины Украины и развития медицины и здравоохранения на Буковине, 3) жизнь и деятельность выдающихся ученых университета , а также хорошо известных в мире наших питомцев (например, композитора и поэта, автора волшебной "Червоной руты» Владимира Ивасюка, поэта Михаила Ткача, лауреата Золотой медали ЮНЕСКО и звания "Золотое имя мировой культуры" Иосифа Ельгисера, Заслуженного врача Эстонии, профессора Н. В. Эльштейна и других). На базе музея проводятся занятия по истории медицины, работают научно-исследовательские секции по изучению истории медицины Буковины и Украины и изучения эколого-исторических памятников Черновцов и его окрестностей. Научно-исследовательской работой в названных секциях занимаются студенты университета и его медицинских колледжей, учащиеся старших классов медицинского лицея и гимназий и школ города.